Custóias tem uma infra-estrutura desportiva de relevância pois, o seu pavilhão polivalente é de inegável qualidade. Tem também courts de ténis e vários recintos desportivos dispersos pela vila.

No centro da vila tem o campo de jogos do Custóias Futebol Clube, colectividade que movimenta cerca de 150 jovens da vila. Tem também vários outros clubes de modalidades amadoras como: Associação Académica de Custóias, Atlético Desportivo "Os Polonenses", Esposadense Futebol Clube, Estrelas de Gondivinho, Grupo Desportivo de Custóias, Leões de Custóias Futebol Clube, Padroense Futebol Clube, Rolar Custóias Clube e Grupo Desportivo Recreativo e Cultural Alto do Avilhó.

Custóias Futebol Clube

O Custóias Futebol Clube foi fundado em 1942 por um grupo de associados que entendeu, na altura, filiar a equipa na Associação de Futebol do Porto. Isto depois do Custóias passar por um largo período sem qualquer filiação.

Durante muito tempo o Custóias Futebol Clube sobreviveu com bastantes dificuldades. Esteve, por várias vezes, na iminência de desaparecer, não fora a boa vontade de alguns "carolas" que sacrificaram as suas próprias vidas familiares para retomar em mãos o seu destino, mas, com o decorrer dos anos, a situação do clube foi melhorando.

Hoje tem no seu historial alguns títulos regionais de Futebol de onze que são o orgulho da vila e, mais particularmente, dos seus associados. Actualmente tem cerca de 500 sócios e disputa o Campeonato Distrital da 1ª Divisão. Concorre todos os anos aos vários escalões do futebol juvenil no campeonato da Associação de Futebol do Porto. Nas suas fileiras tem mais uma modalidade: Voleibol masculino e feminino em seniores. Ao todo movimenta cerca de 150 atletas. O seu parque de jogos está situado na Rua António José de Almeida e a sua sede social na Rua Luís Freitas Branco. Este edifício, construído no ano de 1996, orgulho de todos os custoienses, deve-se ao esforço de alguns associados e, em especial, do seu presidente.

Atlético Desportivo Polonenses

Vocacionada para as lides desportivas, esta Associação cresceu ao longo destes vinte e seis anos pois foi fundada em 3 de Julho de 1977, sempre com grandes desafios. Começando com a modalidade de Atletismo, chegou a estar no topo de muitas corridas. Seguiram-se outras modalidades como o Ciclo turismo, o Ténis de Mesa (federado) e o futebol de salão juvenil. Actualmente, tem o Futsal de cinco, sendo um dos clubes mais competitivos nos campeonatos em que participa. De destacar o facto de terem sido Campeões do Torneio "Matosinhos Mais Desportivo", organizado pela Câmara municipal de Matosinhos. Iniciaram também a modalidade de Pesca, tendo já organizado um torneio muito concorrido.

A Associação passou por grandes dificuldades uma vez que, sobreviveu sempre das receitas do bar e de uma cota mensal simbólica dos cerca de 200 sócios. Começou sem sede social. Hoje, com a ajuda de moradores, de sócios e, especialmente, da Câmara municipal de Matosinhos e da Junta de Freguesia da Vila de Custóias conta com belas instalações nas quais promove convívio e lazer. A Festa de Natal é uma das grandes organizações dos Polenenses. O actual presidente e elementos da Direcção muito têm feito para elevar o nome desta Associação. Desenvolver o clube e a comunidade envolvente e eliminar o problema da droga é a linha directório.

Rolar Custóias Clube

Fundado em 1993, no dia 7 de Outubro, o Rolar Custóias Clube, como o próprio nome indica, pratica e desenvolve a modalidade de Patinagem Artística. Filiado, desde sempre, na Federação portuguesa de Patinagem e na Associação de Patinagem do Porto, tem nelas inscritos 72 atletas, distribuídos pelos diferentes escalões, de Infantis a Seniores. O Rolar Custóias Clube tem conseguido grandes feitos desde a abertura das suas portas à modalidade. Apresenta já um significativo número de campeões nacionais e até atletas internacionais. Os feitos mais recentes datam da época de 1998/1999 na qual, o Clube, se classificou em primeiro lugar nos escalões de Cadetes Iniciados e Patinagem Sincronizada e em segundo nos escalões Juniores. Obteve os seguintes títulos de Campeões e vice-campeões Nacionais: Iniciados Livres e Obrigatórios -2° Lugar. Iniciados Dança. -1° Lugar. Cadetes Livres -1° Lugar. Cadetes Dança -1° e 2° lugares. Juvenil Livres -2° lugar, Juniores Dança -1° e 2° Lugares. Com a ajuda de todos, o Rolar Custóias Clube continua a trabalhar para o bem dos jovens Portugueses. Quem o diz, com orgulho, é a sua presidente, Graça Sousa Pereira.

Sporting Clube de S. Gens

Esta colectividade desportiva, foi fundada em 25 de Abril de 1954. A liberdade de abraçar o desporto tinha início em S. Gens. A sua sede social está localizada na Rua Monte de S. Gens, 163 Custóias. Presentemente tem aproximadamente 300 sócios pagantes. O Sporting Clube de S. Gens, começou com Atletismo, com o ciclismo e com o futebol de Onze.  Nesta última modalidade é de destacar a época de 1986/87, durante a qual, disputou a final da 2ª divisão de futebol amador da Associação de Futebol do Porto. Posteriormente surgiu o Futsal onde, na época de 1994/95, se sagrou Campeão da 2ª Divisão da Federação Portuguesa de Futsal. Venceu ainda vários torneios do 25 de Abril, organizados pela Junta de Custóias.